Kekerabatan Pacar Cina (Aglaia odorata) Berdasarkan Gen rbcL Menggunakan Metode BLAST dan Filogenetik
DOI:
https://doi.org/10.24233/sribios.6.01.2025.462Kata Kunci:
Aglaia odorata , rbcL Gene , PhylogeneticAbstrak
Pacar Cina termasuk kedalam genus Aglaia yang merupakan genus yang cukup besar, sehingga terdapat beberapa karakteristik spesies didalamnya. Analisis kekerabatan Pacar Cina dengan spesies didalam genus Aglaia sendiri masih sedikit dilakukan, hal ini perlu dilakukan untuk melihat bagai mana kekerabatan yang ada antara Pacar Cina dan spesies lainnya didalam genus Aglaia. Beberapa gen yang biasa digunakan untuk melakukan analisis kekerabatan antar tumbuhan tingkat tinggi adalah Gen rbcL. Metode yang bisa digunakan untuk mencari beberapa spesies dalam Aglaia adalah metode Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) di websiteNational Center for Biotechnology Information (NCBI) yang telah banyak digunakan untuk analisis molekuler dan rekonstruksi pohon filogenetik untuk melihat kekerabatan antar spesies. Hasil analisis menunjukkan bahwa bahwa analisis BLAST dan filogenetik menunjukkan bahwa sampel Pacar Cina memiliki kekerabatan yang dekat dengan Aglaia odorata dan dapat menjelaskan kekerabatan antara spesies-spesies yang ada didalamnya.
Kata kunci: Aglaia odorata, rbcL Gene, Phylogenetic
Unduhan PDF Tahun Terakhir
Referensi
Aprilyanto, V dan Sembiring, L. (2016). Filogenetika Molekuler: Teori dan Aplikasi. Indonesia: Innosain.
Altschul, S. F., Boguski, M. Si., Gish, W dan Woottun, J. C. (1994). Issues in searching molecular sequence databases. Nature Publishing Group. 6: 119-129. DOI: https://doi.org/10.1038/ng0294-119
Binet, M., Gascuel, O., Scornavacca, C., Douzery, E. J.P dan Pardi, F. (2016). Fast and Accurate Branch Lengths Estimation for Phylogenetic Trees. BMC Bioinformatics. 17(23):1-18. DOI: https://doi.org/10.1186/s12859-015-0821-8
Campbell, N. A., Reece, J. B dan Mitchell, L. G. (2004). Biologi Edisi Kelima Jilid III. Jakarta: Erlangga
Doebley, J., Durbin, M and Golenberg, M. (1990). Evolutionary Analysis of The Large Subunit of Carboxylase (rcbL) Nucleotide Sequence Among The Grasses (Garmineae). Evolution. 44(4): 1097-1108. DOI: https://doi.org/10.1111/j.1558-5646.1990.tb03828.x
Gonzales-Pech, R. A., Stephens, T. G dan Chan, C. X. (2019). Commonly Misunderstood Parameters of NCBI BLAST and Important Considerations for Users. Bioinformatics. 35(5): 2697-2698. DOI: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty1018
Hao Z, Zhang Z, Zhang J, Cui X, Li J, Luo, L and Li, Y. (2024). The complete mitochondrial genome of Aglaia odorata, insights into its genomic structure and RNA editing sites. Front. Plant Sci. 15:1362045. DOI: https://doi.org/10.3389/fpls.2024.1362045
Keer, J. T dan Brich, L. (2008). Essentials of Nucleic Acid Analysis z a Robust Approuch. UK: Royal Society of Chemistry. DOI: https://doi.org/10.1039/9781847558213
Kim, J., Rohlf, F. J dan Sokal, R.R. (1993). The Accurancy of Phylogenetic Estimation Using The Neighbor Joining Method. Evolution. 4(2). 471-486. DOI: https://doi.org/10.1111/j.1558-5646.1993.tb02107.x
Kress, W. J., & Erickson, D. L. (2007). A Two-Locus Global DNA Barcode for Land Plants: The Coding rbcL Gene Complements the Non-Coding trnH-psbA Spacer Region. PLoS ONE. 2(6): 1-10. DOI: https://doi.org/10.1371/journal.pone.0000508
Liu, S., Shou, B.Liu., Wen, J. Z., Zhi, K. G., Wen,L. dan Hao, F. D. (2014). New sesquiterpenoids from Aglaia odorata var. microphyllina and their cytotoxic activity. Fitoterapia. 92:93-99. DOI: https://doi.org/10.1016/j.fitote.2013.10.013
Lobo, I. (2008) Basic Local Alignment Search Tool (BLAST). Nature Education 1. (1)
Muller, K dan Borsch, T. (2005). Phylogenetics of Utricularia (Lentibulariaceae) and Molecular Evolution Of The trnK Intron In A Lineage With High Substitutional Rates. Plant Systematics and Evolution. 250: 39-67. DOI: https://doi.org/10.1007/s00606-004-0224-1
Muellner, A. N., Samuel, R., Jhonson, S. A., Cheek, M., Pennington, T.D dan Chase, M. W. (2003). Molecular Phylogenetic of Meliaceae (Sapindales) Based on Nuclear and Plastid DNA Sequences. American Journal of Botany. 90(3): 471-480. DOI: https://doi.org/10.3732/ajb.90.3.471
Muellner, A. N., Greger, H dan Pannell, C. M. (2009). Genetic Diversity and Geographic Structure in Aglaia elaeagnoidea (Meliaceae, Sapindales), a Morphologically Complex Tree Species, Near Two Extremes of ITS Distribution. Blumea. 90(3): 471-480.
Newel, P.D., Fricker, A. D., Roco, C. A., Chandrangsu, P dan Merkel, S. M. (2013). A Samll-Group Activity Introducing The Use and Interpretation of Blast. Journal of Microbiology and Biology Education. 14(2): 238-243. DOI: https://doi.org/10.1128/jmbe.v14i2.637
Newmaster, S. G., Fazekas, A. J dan Ragupathy, S. 2006. DNA Barcoding In Land Plants: Evaluating of rbcL In A Multigene Tiered Approach. Canadian Science Publsihing. 84: 335-341. DOI: https://doi.org/10.1139/b06-047
Panell, C.M. (2004). Three New Species, Two New Subspecies and Five New Combinations at the Subspecific Level in Aglaia Lour. (Meliaceae). Springer on behalf of Royal Botanic Gardens, Kew Bulletin. 59(1): 87-94. DOI: https://doi.org/10.2307/4111078
Pennington, T. D., & Styles, B. T. 1975. A Generic Monograph Of The Meliaceae. Blumea. (22): 419–540.
Quattorcchi, U. 2016. CRC World Dictionary of Medicinal and Poisonous Plants: Common Names, Scientific Names, Eponyms, Synonims and Etymology (5 Volume Set). London:CRC Press.
Saputri, A. (2018). Analisis dan Visualisasi DNA Multiple Sequence Alignment Menggunakan Dynamic Programming Needleman-Wunsch dan Neighbor-Joining Tree. Skripsi. Jakarta: Universitas Islam Negeri Syarif Hidayatullah.
Sealey, P. G dan Southern. 1988. Gel Electrophoresis of DNA. The Practical Approach Series. Oxford-Washington DC: IRL Press. 2:39-76.
Yoon, S.H, Ha, S.M, Lim, J., Kwon, S dan Chun, J. (2017). A Large-scale Evaluation of Algorithms to Calculate Average Nucleotide Identity. Antonie van Leeuwenhoek. 1-6. DOI: https://doi.org/10.1007/s10482-017-0844-4
Yin, Q., Qing, M., Guo, X., Hao, J., Lin , B., Xie, H., Zhou, D., Chen, G dan Li, N. (2024). 2, 9-deoxyflavonoids (= 3-aryl-1-indanones) from Aglaia odorata: Structure elucidation, biosynthetic pathway and lung protective activity. Fitoterapia. 178: 106152. DOI: https://doi.org/10.1016/j.fitote.2024.106152
Zhang, J., Yunqing Li, Y dan Wang, Y. (2020). The complete chloroplast genome sequence of Aglaia odorata. Mitochondrial DNA Part B. 5(1): 472–473. DOI: https://doi.org/10.1080/23802359.2019.1704649
Unduhan PDF: 48
Diterbitkan
Cara Mengutip
Tulis nama ilmiah dengan huruf Italic:
Terbitan
Bagian
Hak Cipta (c) 2025 Nur Arifah, Guntur Pragustiandi, Diah Komala Sari
Artikel ini berlisensi Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License.
Penulis yang menerbitkan di jurnal ini menyetujui persyaratan lisensi hak cipta berikut:
a. Penulis memegang hak cipta dan memberikan hak jurnal untuk publikasi pertama dengan karya yang dilisensikan secara bersamaan di bawah lisensi Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License yang memungkinkan orang lain untuk berbagi karya dengan pengakuan atas penulis dan publikasi awal karya dalam jurnal ini.
b. Penulis dapat membuat pengaturan kontrak tambahan yang terpisah untuk distribusi non-eksklusif dari versi jurnal yang diterbitkan dari karya tersebut (misalnya, mengunggahnya ke penyimpanan institusional atau menerbitkannya dalam sebuah buku), dengan pengakuan atas publikasi awalnya di jurnal ini.
c. Penulis diizinkan dan didorong untuk mengunggah karya mereka secara online (misalnya, di repositori institusional atau di situs web mereka) sebelum dan selama proses pengiriman, karena hal itu dapat mengarah pada pertukaran yang produktif, serta kutipan yang lebih awal dan lebih besar dari karya yang diterbitkan (Tinjau Pengaruh Akses Terbuka).
d. Penulis memegang hak cipta dan mempertahankan hak penerbitan artikel tanpa batasan.
1.gif)
